use strict; use warnings; local $/; my %hash = map split(/\n/, $_, 2), split /\n(?=>)/, ; s/\n//g foreach values %hash; __DATA__ >SEQ1 -----I--RL--AAIDVDG-NLT----------D--R--D-RL-ISTKA-IESIRS--A- -E-K--------K-GLT-VSL----LS------GN-V----I-PVV---YA-L------K IF---------------L-----GINGPVF------------------------------ >SEQ2 -MKI----KA--ISIDIDG-TIT------YPN-R-------MIHEK--A-LEAIRR--A- -E-S--------L-GIP-IML----VT------GN-T----V-QFA---EA-A------S IL---------------I-----G----TS-----------------GP-VV-------- >SEQ3 --KI----KA--ISIDIDG-TIT------YPN-R-------MIHEK--A-LEAIRR--A- -E-S--------L-GIP-IML----VT------GN-T----V-QFA---EA-A------S IL---------------I-----G----TS-----------------GP-VV-------- ---AE--D------GG---A---------------------------------------I