my @lnPAM1=();
LINE: for (my $i=0; $i<20; $i++){
    for (my $j=0; $j<20; $j++){
        if ($matrix[$i][$j] > 0){
            $lnPAM1[$i][$j] = log $matrix[$i][$j];
        }else{ next LINE;
        }
    }
}