$ cat 1028930_short
2
5
6
8

##</code><code>##

$ cat 1028930_long
1
2
3
4
5
6
7
8
9

##</code><code>##

$ perl -i -nE 'chomp; if ($s) { $d{$_} or say } else { ++$d{$_}; ++$s if eof; say }' 1028930_short 1028930_long

##</code><code>##

$ cat 1028930_short
2
5
6
8

##</code><code>##

$ cat 1028930_long
1
3
4
7
9