my @array=(); $exonHash{$exonNumber}=\@array; #exonHash is the hashtag my @twoD_array0=(); my @twoD_array1=(); my @twoD_array2=(); my @twoD_array3=(); my @twoD_array4=(); $array[0]=\@twoD_array0; $array[1]=\@twoD_array1; $array[2]=\@twoD_array2; $array[3]=\@twoD_array3; $array[4]=\@twoD_array4;