$hay = 'aacctgacctacgtttgacgatcgtacgtcagtcctccgtgctaactgacgtaaaaaaaatacgtcccccccc'; $nee = 'acgtacgt'; print substr( $hay, $_-5, length( $nee ) + 10 ) for fuzzyMatch( \$hay, \$nee, 3 ); #### acctgacctacgtttgac gacctacgtttgacgatc gtttgacgatcgtacgtc gacgatcgtacgtcagtc atcgtacgtcagtcctcc gtcagtcctccgtgctaa tgctaactgacgtaaaaa aactgacgtaaaaaaaat aaaaaaaatacgtccccc aaaatacgtcccccccc