sub upstream 

my ($i,$j,$k,

      $up,

      $in,

      $dna,

      $size,

      $upstream,

      @temp,

      @pos,@neg,

      @genome_data

      ); 

. 
. 
. 
.
.
.

  @genome_data = @_;  
 
  for ($i=0; $i<@genome_data; $i++) {  

    $genome_data[$i]{GENOME_SIZE} = $size;  

  }