$_ = q(aaa; ; bbb ; "ccc ; ddd ;"  ee;e  ";"  fff ;);
s/(".+;.+"|;)/$1 ne ';' ? $1 : '&&'/ge;

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$b = 0;
$_ = q(aaa; ; bbb ; "ccc ; ddd ;"  ee;e  ";"  fff ;);
$a = join '', map {$b =!$b if /"/; s/;/'&&'/ unless $b; $_} split //;

output:
aaa&& && bbb && "ccc ; ddd ;"  ee&&e  ";"  fff &&