Original sequence: ATCGGGACG 
Stream 0:          TCGTCAGCG
Sequence 1:        ATGCGAAAA

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The sequence 0 has 2 identities
The sequence 1 has 4 identities

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#!/usr/bin/perl -w
#Lectura de archivo de secuencias
$secuencia = 'original.FASTA';
#Abrir el archivo
open (SECUENCIA, $secuencia);
#Leer la secuencia
@secuencia = <SECUENCIA>;
close SECUENCIA;
#Eliminar la línea de título.
$secuencia[0]="";
#print "Esta es la secuencia:\n\n";
#print @secuencia;
#Convertir el arreglo a una variable, con el comando join.
$DNA = join('',@secuencia);
#Concatenar las líneas:
chomp @secuencia;
$DNA =~ s/\n//g; #Quita los saltos de línea.
$DNA =~ s/\s//g;

print "La secuencia original es: \n\n",$DNA,"\n\n";

#Secuencias aleatorias
$test="ACGT";
@DNA=split("",$test);

for ($j=0; $j < 100; ++$j){
	$salida="";
	for ($i=0; $i < 541; ++$i){
		$random=rand(length($test));
		$salida=$salida.$DNA[$random];
	}
	print ">Secuencia_$j\n$salida\n";
}

exit;