>BAR12149;size=134;
ATTGGCCAAATTG.....
>BAR1524;size=1535;
TTAAGGCCTTAAT.....
...etc/


##</code><code>##

GOM_202
GOM_23
.....etc/


##</code><code>##

 
>GOM_202
ATTGGCCAAATTG.....
>GOM_23
TTAAGGCCTTAAT.....
.....ect/ 

##</code><code>##

#!/usr/bin/perl 
use strict;
use warnings;

my @arr;

while (<>) {
    chomp;
    push @arr, $_ if length;
    last if eof;
}

while (<>) {
    print /^>/ ? shift(@arr) . "\n" : $_;
}