$string1='--------NNNNNNN--------NNNNN--------NNNNN------NNNNNNN-------------BBBBB-----';

##</code><code>##

 
$string1_new='--------NNNNNNN--------NNNNN--------NNNNN------NNNNNNNBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB';

##</code><code>##

$string2='---------NNNNN-NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---------BBBBBBBBBB';

##</code><code>##

$string2_new='---------NNNNN-NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNBBBBBBBBBBBBBBBBBBB';

##</code><code>##

$string3='-------NNNNNNN-----------------BBBBBBBBBBBBBBB-------------NNNNNNN';

##</code><code>##

$string3_new='-------NNNNNNNBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBNNNNNNN';

##</code><code>##

$string4='--------BBBBBBBBBBBB-------NNNNNNNNNNNNN------NNNNNN';

##</code><code>##

$string4_new='--------BBBBBBBBBBBBBBBBBBBNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN';

##</code><code>##

	$initial_protein=~s/B-/BB/g;
	$initial_protein=~s/-B/BB/g;