File 2 
CHROM     POS     REF     ALT     VARIANT_LIST	209H-D	459H-D	644H-D	94H-D	99H-D	
['MT', '1010', 'G', 'A', 'A', 'REF', 'REF', 'REF', 'REF', 'REF']
['MT', '2962', 'C', 'T', 'T', 'REF', 'REF', 'T', 'REF', 'T']
....