#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $ctfile = "M23263_rna_300-1.dat_1.ct"; my $matchfile = "match_super.dat"; my @match;my %hash;my $fragment; my $position; open (A, "<", $matchfile) or die "Check the file $!\n"; while (my $line = ) { chomp $line; (my $mat, $fragment, my $score, $position) = split(/\t/, $line); $hash{$fragment} = $position; } foreach my $key(keys %hash) { # print "$key\t$hash{$key}\n"; my @temp = split ("", $key); foreach my $val(@temp) { print "$val\t$hash{$key}\n"; } } close (A); my ($num1, $base, $num2, $num3, $connect, $num4); open (B, "<", $ctfile) or die "Check the file $!\n"; while (my $ctline = ) { chomp $ctline; if ($ctline =~ /^(\d+\s+dG.*)/) { # print "$1\n"; next; next; } my @tempfile = split (/\s+/, $ctline); my $base = $tempfile[1]; my $connect = $tempfile[4]; print "$base\t$connect\n"; } close (B); #### Data File 1 (match_super.dat): 1-Match: GGTGTTGTATGCCTTTAAA 5 3545 2-Match: GGAAAGTCAAGCCCATCTA 9 3254 3-Match: GTTCTTATTTGCACCTACT 6 180 4-Match: GATGAGGAACAGCAACCTT 5 844 #### Data file 2 (M23263_rna_300-1.dat_1.ct) 300 dG = -62.54 [initially -70.70] gi178893_M23263_rna_300-1 1 G 0 2 0 1 2 A 1 3 0 2 3 A 2 4 0 3 4 U 3 5 0 4 5 U 4 6 0 5 6 C 5 7 0 6 7 C 6 8 0 7 8 G 7 9 34 8 9 G 8 10 33 9 10 C 9 11 0 10 11 G 10 12 32 11 12 G 11 13 31 12 13 A 12 14 0 13 14 G 13 15 30 14 15 A 14 16 29 15 16 G 15 17 28 16 17 A 16 18 27 17 18 A 17 19 26 18 19 C 18 20 25 19 20 C 19 21 0 20 21 C 20 22 0 21 22 U 21 23 0 22 23 C 22 24 0 23 24 U 23 25 0 24 25 G 24 26 19 25 26 U 25 27 18 26 27 U 26 28 17 27 28 U 27 29 16 28 29 U 28 30 15 29 30 C 29 31 14 30 31 C 30 32 12 31 32 C 31 33 11 32 33 C 32 34 9 33 34 C 33 35 8 34 35 A 34 36 0 35 36 C 35 37 0 36 37 U 36 38 294 37 38 C 37 39 293 38 39 U 38 40 292 39 40 C 39 41 0 40 41 U 40 42 290 41 42 C 41 43 289 42 43 U 42 44 288 43 44 C 43 45 287 44 45 C 44 46 0 45 46 A 45 47 0 46 47 C 46 48 0 47 48 C 47 49 0 48 49 U 48 50 0 49 50 C 49 51 0 50 51 C 50 52 84 51 52 U 51 53 83 52 53 C 52 54 82 53 54 C 53 55 0 54 55 U 54 56 81 55 56 G 55 57 80 56 57 C 56 58 79 57 58 C 57 59 0 58 59 U 58 60 0 59 60 U 59 61 78 60 61 C 60 62 77 61 62 C 61 63 76 62 63 C 62 64 0 63 64 C 63 65 74 64 65 A 64 66 73 65 66 C 65 67 72 66 67 C 66 68 0 67 68 C 67 69 0 68 69 C 68 70 0 69 70 G 69 71 0 70 71 A 70 72 0 71 72 G 71 73 66 72 73 U 72 74 65 73 74 G 73 75 64 74 75 C 74 76 0 75 76 G 75 77 62 76 77 G 76 78 61 77 78 A 77 79 60 78 79 G 78 80 57 79 80 C 79 81 56 80 81 A 80 82 55 81 82 G 81 83 53 82 83 A 82 84 52 83 84 G 83 85 51 84 85 A 84 86 0 85 86 U 85 87 266 86 87 C 86 88 265 87 88 A 87 89 264 88 89 A 88 90 263 89 90 A 89 91 262 90 91 A 90 92 261 91 92 G 91 93 260 92 93 A 92 94 259 93 94 U 93 95 258 94 95 G 94 96 257 95 96 A 95 97 0 96 97 A 96 98 0 97 98 A 97 99 0 98 99 A 98 100 0 99 100 G 99 101 121 100 101 G 100 102 120 101 102 C 101 103 119 102 103 A 102 104 0 103 104 G 103 105 0 104 105 U 104 106 0 105 106 C 105 107 0 106 107 A 106 108 0 107 108 G 107 109 0 108 109 G 108 110 0 109 110 U 109 111 0 110 111 C 110 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