my @arr;
foreach my $key ( keys %hash ) {
    if ( ref $hash{$key} ne 'HASH' && ref $hash{$key} ne 'ARRAY' ) {
        if ( ( defined $key ) && ( $key eq 'script' ) ) {
            push( @arr, $hash{$key} );
        }
    }
    if ( ref $hash{$key} eq 'HASH' ) {
        foreach my $k ( keys %{ $hash{$key} } ) {
            my $str = $k . "=" . $hash{$key}{$k};
            push( @arr, $str );
        }
    }
}
print Dumper( \@arr );
my %freq = ();
my @unique = grep { !$freq{$_}++ } @arr;
print Dumper( \@unique );

Output : 

$VAR1 = [
          'FILE=fileA',
          'err=99',
          'foo.pm',
          'FILE_READ=fileB',
          'err=99'
        ];
$VAR1 = [
          'FILE=fileA',
          'err=99',
          'foo.pm',
          'FILE_READ=fileB'
        ];