File1 
1 H 35
1 C 22
2 H 20
2 C 30

File 2
A  1  HB2 MET 1
A  2  CA  MET 1
A  3  HA  ASP 2
A  4  CA  ASP 2

Output
1  MET  HB2 35
1  MET  CA  22
2  ASP  HA  20
2  ASP  CA  30