use strict;
use Getopt::Long; 
use lib qw(/opt/scripts/Modules/);
use alldays qw(all); 			# verifie les droits de lecture, creation fichier 
use cluster_utils qw(all); 		# transfere les données du master vers node, gestion des lancements des differents jobs
use local_config;                       # definit les paths complets de chaque programme automatiquement à partir du nom du prog  
use File::Basename;
use Text::Table;

# Declaration variables
my ($bam,$liste_snp,$min_snp_cds,$list_geno,$ref_cds,$prefixe,$seuil_min_classe,$seuil_max_amb);

# Gestion des options placées lors lancement du script
GetOptions("b|extension=s"=>\$bam,
			"l|liste_snp=s"=>\$liste_snp,
			"s|min_snp_per_cds"=>\$min_snp_cds,
			"g|liste_geno=s"=>\$list_geno,
			"r|reference_cds_fasta=s"=>\$ref_cds,
			"p|prefixe=s"=>\$prefixe,
			"mc|min_read_classe=s"=>\$seuil_min_classe,
			"a|max_read_per_cent_ambi=s"=>\$seuil_max_amb); 

##</code><code>##

 use strict;
use Getopt::Long; 
use lib qw(/opt/scripts/Modules/);
use alldays qw(all); 			# verifie les droits de lecture, creation fichier 
use cluster_utils qw(all); 		# transfere les données du master vers node, gestion des lancements des differents jobs
use local_config;                       # definit les paths complets de chaque programme automatiquement à partir du nom du prog  
use File::Basename;
use Text::Table;

# Declaration variables
my ($bam,$liste_snp,$min_snp_cds,$list_geno,$ref_cds,$prefixe,$seuil_min_classe,$seuil_max_amb);

# Gestion des options placées lors lancement du script
GetOptions("b|extension=s"=>\$bam,
			"l|liste_snp=s"=>\$liste_snp,
			"s|min_snp_per_cds"=>\$min_snp_cds||1, #default value : 1
			"g|liste_geno=s"=>\$list_geno,
			"r|reference_cds_fasta=s"=>\$ref_cds,
			"p|prefixe=s"=>\$prefixe,
			"mc|min_read_classe=s"=>\$seuil_min_classe||30,#default value : 30
			"a|max_read_per_cent_ambi=s"=>\$seuil_max_amb||1);#default value : 1