#!/usr/bin/perl

# http://perlmonks.org/?node_id=1172760

use strict;
use warnings;

while(<DATA>)
  {
  print;
  while( /(\w)(?=\w*$)/g )
    {
    print "$`$_$'" for grep $_ ne $1, qw( A C G T );
    }
  }

__DATA__
>chr1   67093601        67093610        CTACAGGAA
>chr1   67095418        67095427        TTTCAGAAA
>chr1   67096318        67096327        TTTCAGCTC
>chr1   67115461        67115470        TTCCAGGCA
>chr1   67125906        67125915        CTGCAGATA
>chr1   67127254        67127263        AAATAGGAA
>chr1   67131224        67131233        TAATAGATT
>chr1   67093601        67093610        CTACAGGAA
>chr1   67096318        67096327        TTTCAGCTC
>chr1   67103379        67103388        GTTTAGATG
>chr1   67111641        67111650        CTTTAGAGC
>chr1   67115461        67115470        TTCCAGGCA
>chr1   67125906        67125915        CTGCAGATA
>chr1   67127254        67127263        AAATAGGAA
>chr1   67131224        67131233        TAATAGATT
>chr1   67093601        67093610        CTACAGGAA
>chr1   67096318        67096327        TTTCAGCTC
>chr1   67103379        67103388        GTTTAGATG
>chr1   67111641        67111650        CTTTAGAGC
>chr1   67113753        67113762        ATATAGTGA
>chr1   201324579       201324588       GGGTAAGGT