$ cat sequence.fa | grep -bo ATG
16:ATG
50:ATG
133:ATG
232:ATG
252:ATG
287:ATG
305:ATG
363:ATG
394:ATG
489:ATG
575:ATG
651:ATG
689:ATG
724:ATG
854:ATG
859:ATG
954:ATG
1014:ATG
1044:ATG
1051:ATG
1145:ATG
1228:ATG
1249:ATG
1272:ATG
tinyos@tinyOMN:~/Monks$ cat sequence.fa | grep -bo ATG | wc -l
24