Chr1    1000    4000    A1
Chr1    12000   32000   A2,A3,B1,B2
Chr1    42000   44000   A4

##</code><code>##

# bedtools closest -a File1 -b File2 -d
Chr1    1000    4000    A1      Chr1    12000   18500   B1      8001
Chr1    15000   22000   A2      Chr1    12000   18500   B1      0
Chr1    30000   32000   A3      Chr1    28000   29000   B2      1001
Chr1    42000   44000   A4      Chr1    28000   29000   B2      13001

##</code><code>##

# bedtools closest -a File1 -b File2 -d | sort -k9,9n
Chr1    15000   22000   A2      Chr1    12000   18500   B1      0
Chr1    30000   32000   A3      Chr1    28000   29000   B2      1001
Chr1    1000    4000    A1      Chr1    12000   18500   B1      8001
Chr1    42000   44000   A4      Chr1    28000   29000   B2      13001

##</code><code>##

# bedtools closest -a ta -b tb -d | sort -k9,9n | perl -ne 'BEGIN{$limitedDistance=10000; use List::Util qw(min max); my %hash=();} @a=split; $idA=$a[3]; $idB=$a[7]; $dis=$a[8]; if($hash{$idA} and !$hash{$idB}){print "$a[4]\t$a[5]\t$a[6]\t$a[7]\n"; $hash{$idB}=1;}  if($hash{$idB} and ! $hash{$idA}){print "$a[0]\t$a[1]\t$a[2]\t$a[3]\n"; $hash{$idA}=1; } if(!$hash{$idA} and ! $hash{$idB}){ if($dis > $limitedDistance){ print "$a[0]\t$a[1]\t$a[2]\t$a[3]\n"; print "$a[4]\t$a[5]\t$a[6]\t$a[7]\n";} else{ $start=min($a[1], $a[5]); $end=max($a[2],$a[6]); print "$a[0]\t$start\t$end\t$a[3],$a[7]\n"; $hash{$idA}=1; $hash{$idB}=1; } } ' | sort -k1,1 -k2,2n

##</code><code>##

Chr1    1000    4000    A1
Chr1    12000   22000   A2,B1
Chr1    28000   32000   A3,B2
Chr1    42000   44000   A4

##</code><code>##

use warnings;
use strict;
use List::Util qw(min max);
my %hash=();
my $limitedDistance = 10000;
open(INP, "bedtoolsOutput");
while(<INP>) {
        my @a=split;
        my $idA=$a[3];
        my $idB=$a[7];
        my $dis=$a[8];
        if($hash{$idA} and !$hash{$idB}){
                print "$a[4]\t$a[5]\t$a[6]\t$a[7]\n";
                $hash{$idB}=1;
        }
        if($hash{$idB} and ! $hash{$idA}){
                print "$a[0]\t$a[1]\t$a[2]\t$a[3]\n";
                $hash{$idA}=1;
        }
        if(!$hash{$idA} and ! $hash{$idB}){
                if($dis > $limitedDistance) {
                        print "$a[0]\t$a[1]\t$a[2]\t$a[3]\n";
                        print "$a[4]\t$a[5]\t$a[6]\t$a[7]\n";
                }
                else {
                        my $start=min($a[1], $a[5]);
                        my $end=max($a[2],$a[6]);
                        print "$a[0]\t$start\t$end\t$a[3],$a[7]\n";
                        $hash{$idA}=1;
                        $hash{$idB}=1;
                }
        }
}