perl -pi.bak -e 's/^(.*)$/#$1/ if /\bDEBUG\b/../\bENDDEBUG\b/' foo.pl

##</code><code>##

perl -pi.bak -e 's/^#(.*)$/$1/ if /\bDEBUG\b/../\bENDDEBUG\b/' foo.pl

##</code><code>##

... code
# DEBUG
debug code
# ENDDEBUG
... more code