return map {tr/\0/\0/ / $len} $ref_seq ^ $test_seq;

##</code><code>##

my($score) = map {tr/\0// / $len} $ref_seq ^ $test_seq;
return $score;

##</code><code>##

return +(map{tr/\0// / $len} $ref_seq ^ $test_seq)[0];