foreach $loop (sort `cd $data_dir; ls -d *`) {
     chop($loop);

     foreach $loop2 (sort `cd $data_dir; ls -d $loop/*`)
     {
         chop($loop2);

###      foreach $loop3 (sort `cd $data_dir; ls -d $loop2/*`) {
## should be:
##       foreach $loop3 (sort `cd $data_dir/$loop; ls -d $loop2/*`) {
## or:
         foreach $loop3 (sort `cd $data_dir; ls -d $loop/$loop2/*`) {
            chop($loop3);
## BTW, this:  $all_files[$i++]=$loop3;
## should be:
            push( @all_files, $loop3 );
         }
     }
 }