while ($sub =~ /([GCATN])/g) {
   if ($1 eq 'G') { $bases{g}++; }
   if ($1 eq 'C') { $bases{c}++; }
   if ($1 eq 'A') { $bases{a}++; }
   if ($1 eq 'T') { $bases{t}++; }
   if ($1 eq 'N') { $bases{n}++; }
}

##</code><code>##

$bases{ lc($1) }++ while $sub =~ /[GCATN])/g;