#! perl -slw
use strict;

my $order = 'N CA C O CB CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ OH 2HB 3HB HD1 HD2 HE1 HE2 HH';


my @unordered = qw[ 2HB 3HB C CA CB CG CD1 CD2 CE1 CZ CE2 HE2 HE1 HH HD1 HD2 N O OH ];

print join' ', sort{ index( $order, $a ) <=> index( $order, $b ) } @unordered;

__END__
P:\test>295668
N C CA O CB CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ OH 2HB 3HB HD1 HD2 HE1 HE2 HH