my $i; my $j; for ($i=0; $i < @array1; $i++) { $dna = reverse $array1[$i]; $dna =~ tr/actg/tgac/; for ($j=0; $j < @array1; $j++) { if ($dna eq $array1[$j]) { print "FOUND $dna\t$array[$j]\n"; } } }