if (      ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$tt; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$ag; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'c')) { ++$ac; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 't')) { ++$at; }
elsif (   ($genome[$i] eq 't') 
       && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$ta; }

...

##</code><code>##

my $genome =   $genome[$i];
my $genome1 =  $genome[$i+1];

if (      ($genome eq 'a') 
       && ($genome1 eq 'a')) { ++$tt; }
elsif (   ($genome eq 'a') 
       && ($genome1 eq 'g')) { ++$ag; }
elsif (   ($genome eq 'a') 
       && ($genome1 eq 'c')) { ++$ac; }
elsif (   ($genome eq 'a') 
       && ($genome1 eq 't')) { ++$at; }
elsif (   ($genome eq 't') 
       && ($genome1 eq 'a')) { ++$ta; }

...

##</code><code>##

my $genomepair =   $genome[$i] . $genome[$i+1];

if (      $genomepair eq 'aa' ) { ++$tt; }
elsif (   $genomepair eq 'ag')  { ++$ag; }
elsif (   $genomepair eq 'ac')  { ++$ac; }
elsif (   $genomepair eq 'at')  { ++$at; }
elsif (   $genomepair eq 'ta')  { ++$ta; }

...