if (      ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$tt; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$ag; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 'c')) { ++$ac; }
elsif (   ($genome[$i] eq 'a') 
       && ($genome[$i+1] eq 't')) { ++$at; }
elsif (   ($genome[$i] eq 't') 
       && ($genome[$i+1] eq 'a')) { ++$ta; }

...