@tempArray;
foreach my $ref (@array){
  if(substr($ref,0,1) eq 'A'){
   push @tempArray, $ref; 
 }
}
foreach my $ref (sort substr($a,1) <=> substr($b,1) @tempArray){
  ...do whatever...
}

##</code><code>##

foreach my $ref (sort substr($a,1) <=> substr($b,1) if $substr($ref, 0,1) eq 'A' @tempArray){
  ...do whatever...
}