$html = '<!--% xxxx UNO xxxx %-->   <!--% xxxx DOS xxxx %-->';
$html =~ s/(<!--.*?-->\s*)<!--%(.*?) DOS (.*?)%-->/$1GONE/s;
print $html;

##</code><code>##

$html = '<!--% xxxx UNO xxxx %-->   <!--% xxxx DOS xxxx %-->';
$html =~ s/-->\s*<!--%(.*?) DOS (.*?)%-->/--> GONE/s;
print $html;