$ perl -lwe '$_="[http://a|alpha] [http://b|beta]";
             print;
             s{\[(http://.+?)\|(.+?)\]}
              {<a href="$1">$2</a>}gi;
             print'
[http://a|alpha] [http://b|beta]
<a href="http://a">alpha</a> <a href="http://b">beta</a>