#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my %seq_hash;
$/ = '>';
while ( <DATA> ) {
    if (s/^(\w+)\s\S+.*\n//) {
	    chomp;
    	tr/\n\t //d;
    	$seq_hash{$1} = $_;
    }
}
print Dumper(\%seq_hash);

__DATA__
>YNL331C	sequence of the region upstream from ynl331c
CAATATG CGAG GGAC CTACATGTTGAGCATGACAATGAATTCTATTGAAAAAAAGAGTTG
GAAGTATATACGAATATAAATAATGTGAAACAAAAGAAGAAAAGTGAATAAAAGGCACTT
AAGACGCTATCCAATTGTGTATGAGAAGTGCAAACTCAATTTTTTTGCAAAAGACTTTTC
TCAAACCTTTAATTGATGCGTTCCGTTCATACATCAACCGCGTCCCATACGTTTCGAAGA
AAATTGCCTATATGTGTTATTTACATACTAGAGATATTTTAATATTGAAACAGTTGTATT
TCTATTGTAATTACTATCTAAACGTCTCGTCCCACCGCTGTTGATAAAGCGGTGCCAATA
TAATTTATAATCACGCCTGGGTAAATGACTTTTAATTTCTTAAATCATCGAAGTATGCGA
AAACAAGAAGTCTTTATTCATAATAAAAAACAAATTCGGTTACTACGACTTTTATATGTC
ATTCAATATTTGGTAATAATTTTACAGTATTAACCCTATCCTCATCTGATTCACTCTCTT
CTAATTGCATATATTTTCAAATTCGCTTTCAGCGCTGTACAAAACCAGTAAGCAGATCTC
GTACGAAGACTCAAATAAGTTGCATTGTTCGTATTCAAGGAAACCGGGGGGCAAAATTTC
CAACCATATTTAAGTATGACAATATTTCCAAGTCAAGGATGCATGCTGTTCTTCTCTTCA
TTAACTAGCTAACCAATTAGCTGAACGGCTTTGTATTTTACTTAACATATTGTCTATTGC
ATAAAAAACCACTATTCAGC
>YKL071W	sequence of the region upstream from ykl071w
ATAATTATTCCTGTTTCTTTAACCTGGTAAAAAAAAGTACAAACACTTAAGCTTTTTGAA
ACAGCTTTATTTTGCTTCATTAAATAGCTAGGATAAGAAATCCCTCATCCGAAAGGTTTT
GTATCTAACTACCCTAGAGAACATTTGTCCTGATCAGGTTCATTTGGAGTTTATATTTTT
TAGAAGCTCAAAGTTTGTTGGACTCATTACCATGGAAGAAAAAAAGAAGATACTACGAAA
TATTGGTTTCTCAGGTTAAATAAGGGACACCATTTTCCTATTAGGCTAGTCGAGCTTAGT
TCTTCTAATTTCTTCAGATCTTCTATAATTTCCTATCTTCTACCTGATGTGTGCATGATA
TATCTATGAGCTCCTGATATTGCTTGTTTTACTTTAGCTTGCATGACTTGCAATAATCTA
ATCATATATGTTCCCGATTAATATACTGTGCACAAATTGCAGGACATATAATTTTTCCGT
GGATTATATCTTCGATTAACGTCCGCGGGTCTCATAAAAAGCAAACCAACTTCGCAATTC
CCTAGAAATACCTCAATAGAAAGTTATTTGTAATGAGATTAGTAATGAGATTAGCAATGA
GATTAGTAATGAGATTAGTAATGAGATTAGTAATGTGATTAGTAATGCATAGCGGTATAA
ATGGTAGTACTAATAAGTAAGATAGTATACCAGTTATAATAAATAGGCGGCGATGCTTCA
AAACTAATTTTTGACGTTTTTAAGAATAAAGCCTTTACCAGTGGCATAAATCAGTAGAAT
TCTAAGCAAACAAAGTCGAT