if ($line =~ /$atomid.*\s*\w+\s+$resid\s+$atomidmatch.* \w+\s+$residmatch\s+\d\./ or $line =~ /$atomidmatch.*\s*\w+\s+$residmatch\s+$atomid.* \w+\s+$resid\s+\d\./) { print OUTFILE "array2[$el]\n"; last; }