use strict; my @dataA = qw(1 9 3 5 4 2); my @dataB = qw(3 2 1 6 7 9); my $i = 0; foreach my $num (@dataA) { foreach (@dataB) { if ($num == $_) { splice(@dataA,$i,1); splice(@dataB,$i,1); } } $i++; } print "@dataA\n@dataB\n";