my $j =0;
        for($i=0;$i<length($protein);$i++){
        my $chr=substr($protein,$i,1);
                if($chr ne "-"){
                        $new_dna=$new_dna.substr($dna,$j,1);
                        $j=$j+1;
                }else{
                        $new_dna=$new_dna."-";
                } 
                                                                                                                                                                                                                                                  }