find . -name '*.fileext' -print0 | xargs -0 perl -pi'.bak' -e 'print "#something3.cfg\n" unless $c++;'

##</code><code>##

perl inplace.pl firstFile.fileext
perl inplace.pl secondFile.fileext
...

##</code><code>##

#!perl -pi'*'
print "#something3.cfg\n" unless $cnt++;