$ perl -le '   
-> $str = q{sfSSSfsdSSSSSseSShySSSScvbcv};
-> print $str;
-> $str =~ s{(S{3,})}{<tag>$1</tag>}g;
-> print $str;'
sfSSSfsdSSSSSseSShySSSScvbcv
sf<tag>SSS</tag>fsd<tag>SSSSS</tag>seSShy<tag>SSSS</tag>cvbcv
$