use Tie::File;

my %seen;
tie my @file1, 'Tie::File', 'file1' or die;
tie my @file2, 'Tie::File', 'file2' or die;

foreach (@file2) { chomp; $seen{$_}++; }
@file1 = grep { chomp; !$seen{$_} } @file1;

untie(@file1);
untie(@file2);