SGFEFHGYARSGVIMNDSGASTKSGAYITPAGETGGAIGRLGNQADTYVEMNLEHKQTLDN [file 1] 

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...---SGFEF....HG-.--YARSGVI---MNDSGAS..--TKSGAY--....--ITPAG--ETGGAI..GRLGN--Q..AD---TY--V..EMNL--EHKQTLDN [file 2] 

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#!/usr/local/bin/perl $str = "a-\.*?b-\.*?c"; $str2 = "zzzza---..bcddddd"; $str2 =~ /($str)/; print $1,"\n";