$ head -1 good.pl | od -c
0000000  #   !   /   u   s   r   /   b   i   n   /   p   e   r   l  \n
0000020

$ head -1 bad.pl | od -c
0000000  #   !   /   u   s   r   /   b   i   n   /   p   e   r   l  \r
0000020 \n
0000021

##</code><code>##

perl -pi.bak -e 's/\r//g' my_script.pl