use strict;
use warnings;

open my $dnaFH, q{<}, \ <<'EOD' or die qq{open: HEREDOC: $!\n};
acacccacacacaccacacccacacaccacacccacacccacacaccaca
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
cccacaccacacccacacaccacacaccacacccacacccacacacacca
cacccacacaccacacccacacacaccctaaccctaacccctaaccccta
accctaacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctaaccctaac
ccctaaccctaaccctaaccgtaaccctaaccctttaccctaacccgaac
ccctaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggg
gaccctgaccgtgaccctgaccctaacccgaacccgaacccgaaccccga
accccgaaccccgaaccccaaccccaaccccaaccccaaccctaacccct
caccctcaccctcgacccccgacccccgacccccgacccccaccccgaac
ggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccctaaccctaaaaccctaaccctagcc
ctagccctagccctagccctaacccctaacccctaaccctaagccgaagc
gaccctgannnnnnncccccgaccccnnnnnnngccctaaccctaaccct
gaccctgannnnnnnnnnnnnnctaacccgaacccgaacccgaaccnnnn
EOD

my $rxReplaceN = qr
   {(?xi)
       (?<![nN\n])n
       |
       n(?![nN\n])
       |
       n(?=\n[^nN])
       |
       n(?=\n\z)
   };

my $outFile = q{spw697207.out};
open my $outFH, q{>}, $outFile
   or die qq{open: > $outFile: $!\n};

my $acc = q{};

while ( 1 )
{
    emitAcc(), last if eof $dnaFH;
    $acc .= <$dnaFH>;
    emitAcc() unless $acc =~ m{[nN]$};
}

close $dnaFH or die qq{close: HEREDOC: $!\n};
close $outFH or die qq{close: > $outFile: $!\n};

sub emitAcc
{
    $acc =~ s{$rxReplaceN}{^}g;
    print $outFH $acc;
    $acc = q{};
}