#!/usr/bin/perl open(FILE,"align.input") or die "can not open file"; while($var=){ $str1=();$str2=(); if($var=~/^sxoght:/){ @ar=split(/\s+/,$var); print ">$ar[2]\t$ar[8]\t$ar[9]\t$ar[1]\t$ar[5]\t$ar[10]\t$ar[6]\t$ar[3]\t$ar[4]\t$ar[11]\n"; } if($var=~/^Query:/){ $str1=$var; $str1=~s/^Query:\s+//g; $str1=~s/\d+\s+//g; $str1=~s/\s+//g; } if($var=~/^Sbjct:/){ $str2=$var; $str2=~s/^Sbjct:\s+//g; $str2=~s/\d+\s+//g; $str2=~s/\s+//g; } for($i=0;$i<=length($str1);$i++) { if(substr($str1,$i,1) ne substr($str2,$i,1)){ print substr($str1,$i,1); print substr($str2,$i,1); print "$i\n"; } } }