#!/usr/bin/perl
open(FILE,"align.input") or die "can not open file: $!";
while($var=<FILE>){
    if($var=~/^sxoght:/){
        ($str1,$str2)=();
        @ar=split(/\s+/,$var);
        print ">$ar[2]\t$ar[8]\t$ar[9]\t$ar[1]\t$ar[5]\t$ar[10]\t$ar[6]\t$ar[3]\t$ar[4]\t$ar[11]\n";
    }
    if($var=~/^Query:/){
        $str1=$var;
        $str1=~s/^Query:\s+//g;
        $str1=~s/\d+\s+//g;
        $str1=~s/\s+//g;
    }
    if($var=~/^Sbjct:/){
        $str2=$var;
        $str2=~s/^Sbjct:\s+//g;
        $str2=~s/\d+\s+//g;
        $str2=~s/\s+//g;
    }
    if(defined $str1 and defined $str2) {
        for($i=0;$i<=length($str1);$i++)
        {
            if(substr($str1,$i,1) ne substr($str2,$i,1)){
                # this is not in the desired format, yet
                print substr($str1,$i,1);
                print substr($str2,$i,1);
                print "$i\n";
            }
        }
        ($str1,$str2)=();
    }
}