My File 1 looks like this:- 
155369268 300
169212695 200

My File 2 looks like this:-
>gi|155369268|ref|NM_802300917.1| Homo sapiens ewqeqwaspanin 19 (USUAN23), mRNA
CCTGCTCTCGATTCTAATGTGATGCGAACGCAGCATTTCAGGGACTGGATGAGGAGCTTACGGTTTTTT
ACAGAATCATCAATATCTTGGAAGAAAAAGAATGTTAAGAAATAACAAAACAATAATTATTAAGTACTTT
CTTAATCTCATTAATGGAGCTTTCTTGGTTCTTGGACTTTTATTCATGGGATTTGGTGCATGGCTCTTAT
TAGATAGAAATAATTTTTTAACAGCTTTTGATGAAAATAATCACTTCATAGTACCTATTTCTCAAATTTT
GATTGGAATGGGATCTTCTACTGTTCTTTTTTGTCTATTGGGTTATATAGGAATTCACAACGAAATCAGA
TGGCTCCTAATTGTGTATGCAGTATTGATAACATGGACCTTTGCTGTTCAGGTTGTACTTTCAGCATTCA
TCATCACAAAGAAAGAGGAGGTTCAGCAACTATGGCATGACAAAATTGATTTTGTCATTTCTGAGTATGG
ATCTAAAGATAAGCCTGAAGATATAACCAAGTGGACTATTCTGAATGCCTTACAGAAAACATTACAGTGT
TGTGGCCAACATAATTACACAGACTGGATAAAGAATAAGAACAAAGAAAATTCAGGACAGGTGCCATGTT
CTTGCACAAAGTCAACTTTAAGAAAATGGTTTTGTGATGAGCCACTGAATGCAACTTACCTTGAGGGTTG
TGAAAATAAAATCAGTGCATGGTATAATGTTAATGTGTTAACCTTAATCGGAATTAACTTTGGACTTTTA
ACTTCAGAGGTTTTCCAAGTCTCATTAACAGTTTGTTTCTTCAAAAACATCAAGAATATAATCCATGCAG
AAATGTGACCTTTGGATTTCAATTTGTTCAGAAGAAACCAGTTAATTCTTAAAAAATCACATTA
>gi|169212695|ref|XM_96216884.1| PREDICTED: Homo sapiens hypothetical protein UJI1001326087 (YHC1001326768), mRNA
ATGTGTGTATATATATATATGCATATATATGTGTGTGTATATATATATACACATATATATGTGTGTGTAT
ATATATACACATATATATGTGTGTGTATATATATATACACATATATATGTGTGTATATATATATACACAC
ACATATATATGTATACATATACATGTATATGTATATATGTATACATATACATATATATGTATATATGTAT
ACATATACATATATACGTATATATACATATATGTATATATGTAAGTATACGTATATATACATATATGTAT
ATGTATGTACATATATATGCATGCACATATATATGTATTTATATATATGCATGTATATGTATATGCATGT
ACATATGGATGTATATATGCACGCATGTCTGTACATATGCATGTATGTATGTACATATAAATGTATATAT
ATGTATACATACATGTGTATATATACATGTATATGTATGTATACGTACATACATATGTATGTATACGTGT
ATGTATACATACATATGTATGTATGCGTACATACATATGTATACGTACATACATATGTATGCTTACACAC
ATGTATGCTTACACACATATGTATGTACGTGTACATACATATGTACACGTACATACATATGTACACGTAC
ATACATATGTTCCAGAGGAAGAAGAAACAAGTGTCTGGTGCCCAGAGACGACCAGATGCCCCACCAGTTC
TGATCCATAGGAGAATGATCGTTCCACATGGCCAACTCCATCCTCATGCAGCAATTCCTCCACAAGCACA
AGACAAGCTTGTCCTGATGTTCCTTGCCCTGGCAGATGTTCAGGACCTTCCTTTGATTCAACCCCTCCAC
CTAAATGGCCCAAGCTTTCGGGGCTGTCATTGTCTGTTTGTCATTCAAGGGCCCAAGCTGAAGAGGGGGT
TGTGGCCTAACCATGGTCGTGTTGTGCTGGACGTCACAGCAGAGGAGGAGGCGCAGAACAAAGGCTGC