while ($line1 =<F1> || $line2= <F2>){
  foo($line1,$line2);
} 

##</code><code>##

  local $/ ;
  while (1) {
    $/ = "#" ; my $line1 = <F1> ;
    $/ = "?" ; my $line2 = <F2> ;
    last if (!defined($line1) && !defined($line2)) ;
    foo($line1, $line2) ;
  } ;