use warnings;
use strict;

local $/;

my $data = <DATA>;
while ($data =~ /TATAAT[ACGT]+ATG([ACGT]+)(:?T(:?GA|AA|AG))/cgs) {
warn $1;
}

__DATA__
TATAATATTACAATGGATCATACAGTTAG
TATAATATTACAATGGATCATACAGTTAG
TATAATATT
ACAATGGATCATACAGTTAG