perl -se '$,="\t"; print split / /, qx/echo @{["{$a}" x $k]}/;' -- -k=4 -a='A,T,G,C' 

##</code><code>##

                 ACTG    ATTG    ATGC   etc
ATGCTGTACTG        1      0        1
ATGATGATCTG        0      0        0
ATGCGTATGCA        0      0        1
ATGCTAGACTG        1      0        1