for ($i=0;$i<=$#steps;$i++)
{
    open MIN_RUN, ">run";
    print MIN_RUN qq(/opt/sander -i $steps[$i].min -p ../$steps[$i].prmtop -o $step[$i]$step[$i].e &\n);
    print MIN_RUN qq(/opt/sander -i $steps[$i].min -p ../../$steps[$i-1]/$step[$i-1].prmtop -o $step[$i]$step[$i-1].e &\n);
}