perl -e'
    $_ = qq{...\n}
        .qq{<a href="foo">foo</a>\n}
        .qq{<a href="bar">bar</a>\n}
        .qq{...\n};
    s!(<a href=")(.*?)(">bar</a>)!$1\[$2]$3!s;
    print;
'

##</code><code>##

...
<a href="foo">foo</a>
<a href="[bar]">bar</a>
...

##</code><code>##

...
<a href="[foo">foo</a>
<a href="bar]">bar</a>
...