use 5.010;

for (my $i=0; $i<length($string); $i++) {
    my $letter = substr($string, $i, 1);
    given ($letter) {
        when ("A") { $A[$i]++; }
        when ("C") { $C[$i]++; }
        when ("G") { $G[$i]++; }
        when ("T") { $T[$i]++; }
        default    { $N[$i]++; }
    }
}