#! perl -slw
use strict;

my( $x, $y ) = ( 3, 5 );

while( <DATA> ) {
    chomp;
    print ">$_";
    local $/ = '>';
    $_ = <DATA>;
    chomp;
    tr[\n][]d;
    print for unpack '(A36)*', substr $_, $x, length() - $x - $y;
}

__DATA__
>HWI-EAS158_40_3_1_46_535
GTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGACCAT
>HWI-EAS158_40_3_1_47_579
AAAGTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAC
AAAGTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAC
AAAGTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAC
AAAGTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAC
>HWI-EAS158_40_3_1_46_731
GTGTCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAAAA
GTGTCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAAAA
GTGTCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAAAA

##</code><code>##

c:\test>junk46
>>HWI-EAS158_40_3_1_46_535
AATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTG
>HWI-EAS158_40_3_1_47_579
GTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGACAAA
GTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGACAAA
GTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGACAAA
GTGAATGCGTGATACAGGAATGTTCGTT
>HWI-EAS158_40_3_1_46_731
TCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAAAAGTG
TCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGTGAAAAGTG
TCATGCGTGATACAGGAATGTTCGTTGT