#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $data2 = <<D2;
A5V
A5S
...
I152T
D2

my $data1 = <<D1;
>gi|134611|sp|P00441.2|_Homo_sapiens ...
END
D1

my $data1Name = \$data1;
open my $inFile, '<', $data1Name or die "Failed at opening $data1Name: $!\n";

...

##</code><code>##

This is [GI: 134611] and [Accession: P00441]
VARIANT		POTENTIAL		PD
A5V	A{229365862} -{110180503} -{134284932} -{226232347} A{185132317} -{62550923} A{134611} -{12733941} A{62858937} A{226372562} A{225706520} A{112419222} A{238801237} A{47227092} -{216963348} A{56790262} A{116048074} -{54873355} A{185135289} -{151549024} A{27462182} -{226934254}	
A5S	A{229365862} -{110180503} -{134284932} -{226232347} A{185132317} -{62550923} A{134611} -{12733941} A{62858937} A{226372562} A{225706520} A{112419222} A{238801237} A{47227092} -{216963348} A{56790262} A{116048074} -{54873355} A{185135289} -{151549024} A{27462182} -{226934254}	

##</code><code>##

I150T	I{229365862} -{110180503} -{134284932} -{226232347} I{185132317} -{62550923} I{134611} -{12733941} I{62858937} I{226372562} I{225706520} I{112419222} I{238801237} I{47227092} I{216963348} I{56790262} I{116048074} -{54873355} I{185135289} I{151549024} I{27462182} -{226934254}	
I152T	I{229365862} -{110180503} -{134284932} -{226232347} I{185132317} -{62550923} I{134611} -{12733941} L{62858937} I{226372562} I{225706520} F{112419222} I{238801237} I{47227092} I{216963348} I{56790262} I{116048074} -{54873355} I{185135289} -{151549024} I{27462182} -{226934254}